जंगलतोड थेट जैवविविधतेला कारणीभूत ठरू शकते जेव्हा झाडांमध्ये राहणाऱ्या प्राण्यांच्या प्रजाती यापुढे त्यांचे निवासस्थान नसतात, त्यांचे स्थलांतर करू शकत नाहीत आणि त्यामुळे ते नामशेष होतात. जंगलतोडीमुळे काही झाडांच्या प्रजाती कायमस्वरूपी नष्ट होऊ शकतात, ज्यामुळे वातावरणातील वनस्पती प्रजातींच्या जैवविविधतेवर परिणाम होतो.