सुरुवातीची महागडी किंमत ओव्हरहेड सिस्टीम (व्यावसायिक प्रणाली) पेक्षा जास्त असू शकते. ठिबक सिंचनासाठी वापरल्या जाणार्‍या नळ्यांवर सूर्याचा परिणाम होऊ शकतो, ज्यामुळे त्यांचे आयुष्य कमी होते. जर पाणी योग्यरित्या फिल्टर केले गेले नाही आणि उपकरणे योग्य प्रकारे ठेवली नाहीत तर त्याचा परिणाम होऊ शकतो.