नैसर्गिक बंदरे, विशेषत: खाडी, मुहाने आणि नदीच्या तोंडात, जेथे जमीन आणि पाणी अशा प्रकारे एकत्र होतात की जहाजे प्रवेश करताना आणि डॉक करताना वारा आणि लाटांपासून संरक्षण करतात . जहाजांना संरक्षण देण्यासाठी जेटी आणि ब्रेकवॉटर वापरून बंदर देखील बांधले जाऊ शकतात