थर वाळवंटाचा जन्म हा एक वादाचा विषय असून काही भूवैज्ञानिकांच्या मते हे वाळवंट ४००० वर्षे ते १ लाख वर्षे इतके जुने आहे, तर काहींच्या मते हा भूप्रदेश शुष्क होण्यास त्यापेक्षा बऱ्याच आधी सुरुवात झाली होती. अगदी अलीकडे (इ. पू. २०००) सरस्वती नदी अदृश्य झाल्यानंतर हा प्रदेश वालुकामय झाला असाही एक मतप्रवाह आहे.