संरक्षण मंत्रालयात पाच विभाग असतात; संरक्षण विभाग सैन्य व्यवहार विभाग , संरक्षण उत्पादन विभाग, संरक्षण संशोधन आणि विकास विभाग , आणि माजी सैनिक कल्याण विभाग.