संरक्षण मंत्रालयात पाच विभाग असतात; संरक्षण विभाग (DoD), सैन्य व्यवहार विभाग (DMA), संरक्षण उत्पादन विभाग (DDP), संरक्षण संशोधन आणि विकास विभाग (DRDO), आणि माजी सैनिक कल्याण विभाग (DESW).