आतापर्यंत सर्वात महत्वाचे सूक्ष्म विघटन करणारे जीवाणू आहेत, जे कंपोस्टच्या ढिगात विघटनाचा सिंहाचा वाटा करतात. परंतु इतर सूक्ष्म जीव आहेत जसे की ऍक्टिनोमायसेट्स, बुरशी आणि प्रोटोझोआ , ते देखील महत्त्वपूर्ण भूमिका बजावतात.