महाराष्ट्रातील राज्य सरकारच्या अधिकारक्षेत्रात येणाऱ्या विद्यापीठांशी संलग्न असलेली काही महाविद्यालये 'स्वायत्त महाविद्यालय' या प्रकारात येतात. महाराष्ट्रात सध्या एकूण ९१ स्वायत्त महाविद्यालये आहेत. अभ्यासक्रम तयार करणे तसेच परीक्षा घेणे यासाठी ही महाविद्यालये स्वायत्त असतात.