सरतेशेवटी, पंतप्रधान शरीफ यांनी जनरल मुशर्रफ यांना लष्कराच्या कमांडमधून बडतर्फ केले आणि 12 ऑक्टोबर 1999 रोजी लेफ्टनंट-जनरल झियाउद्दीन बट, डीजी आयएसआय यांना अनेक लष्करी अधिकाऱ्यांवर नियुक्त केले.