लेखा विभाग ही शाखा माननीय राज्यपालांचे परिवार प्रबंधक कार्यालय तसेच राज्यपालांचे सचिवालय या दोन्ही आस्थापनांची ही सामसायिक शाखा आहे. खर्चांचे योग्य विनियोजन, अर्थसंकल्प तयार करणे, वेतन आणि भत्ते यांचे आहरण, लेक्षा आक्षेपांचे निराकरण इत्यादी कामे या शाखतर्फे केली जातात.