जेव्हा पाण्यात क्लोरीन मिसळले जाते तेव्हा ते पाण्यातील नैसर्गिकरित्या उद्भवणाऱ्या सेंद्रिय पदार्थांवर प्रतिक्रिया देते. तयार झालेल्या संयुगांना "निर्जंतुकीकरण उपउत्पादने " म्हणतात. तयार होणारी रक्कम वापरलेल्या क्लोरीनचे प्रमाण आणि सेंद्रिय पदार्थ आणि क्लोरीन यांच्यातील संपर्क वेळ यावर अवलंबून असते.